Thực phẩm chức năng được định nghĩa là có có tác dụng hỗ trợ điều trị ( the Wikimedia). Chính vì vậy nó được các bác sỹ kê kèm trong các đơn thuốc. Tuy nhiên việc sử dụng chung thực phẩm chức năng và thuốc chữa bệnh sẽ gặp phải tác dụng không mong muốn nếu kết hợp không đúng cách.

Theo một nghiên cứu của các nhà khoa học đại học Y Đài Bắc trên 509 loại thuốc theo toa, với 882 trường hợp gây tác dụng, thì có tới hơn 42% bị tác dụng ngược nghĩ là thực phẩm chức năng đã làm thay đổi tác dụng của thuốc với quá trình điều trị bệnh . Các triệu chứng có thể xảy ra liên quan đến hệ tiêu hóa, hệ thần kinh , giảm quá trình hâp thụ, chuyển hóa thuốc trong cơ thể. Thêm vào đó, những thực phẩm chức năng có nguồn gốc từ cây cỏ từ rễ hoa, dầu lanh, cao bạch quả, bổ sung sắt canxi.. Nếu được dùng chung với thuốc sẽ gây ra rất nhiều tác dụng không mong muốn: nhẹ thì đau bụng, đau đầu, nặng thì dẫn tới đột quý, trụy tim .

Ngoài ra, những bệnh nhân dùng chung thuốc N thuốc warfarin, insulin, aspirin, digoxin và ticlodipine  với các thực phẩm chức năng bổ sung vitamin, acid amin sẽ bị tác dụng phụ nhiều nhất.

Tuy nhiên cũng không thể phủ nhận tác dụng hỗ trợ điều trị của thực phẩm chức năng trong điều trị các bệnh. Tuy nhiên để sử dụng đúng, đủ, chuẩn thì bạn phải hỏi ý kiên trước khi dùng bất cứ loại nào.