Nguyên liệu là một trong những khâu quan trọng nhất trong việc sản xuất thực phẩm chức năng. Nó quyết định trực tiếp đến chất lượng cũng như giá thành sản phẩm được sản xuất ra. Vì vậy việc lựa chọn nguyên liệu là khâu vô cùng quan trọng trong khâu sản xuất. Hiện nay các doanh nghiệp  trên thế giới có xu hướng đưa các sản phẩm tự nhiên vào trong sản phẩm của mình. Với ưu điểm lành tính, an toàn, dễ kiếm, các sản phẩm có nguồn gốc oganic được người tiêu dùng rất ưa chuộng và ngành thực phẩm chức năng cũng không nằm ngoài xu hướng này.

Việt Nam là một đất nước là một đất nước  có hệt động thực vật được đánh giá là rất đa dạng và phong phú với 3.948 loài thực vật bậc cao và bậc thấp, 408 loài động vật và 75 loài khoáng chấtcó thể dùng được trong ngành sản xuất thực phẩm chức năng. Những nguyên liệu này sau khi được các nhà khoa tinh chất có lợi nhất để đưa vào sản phẩm như tinh chất nghệ, tinh chất hàu,...

Hiện nay, bên cạnh việc tìm kiếm các nguyên liệu có sẵn trong tự nhiên, những nhà sản xuất thực phẩm chức năng cũng tìm mọi cách để chủ động nguồn hàng cho mình bằng cứ tự tay xây dựng các vùng trồng nguyên liệu cho riêng mình. Hầu hết các cây nguyên liệu đều có thể  trồng được như Artiso, ba kích, bạc hà, bạch chỉ, bụp giấm, trinh nữ hoàng cung, xạ can, hoắc hương, kim tiền thảo, sâm ngọc linh, sâm đại hành…Các vùng trồng cây nguyên liệu ở nước ta tập trung tại một  số tỉnh như Hưng Yên, Nam Định, Thái Bình... nhưng cũng chỉ đáp ứng được khoảng hơn 20% nhu cầu, số còn lại đến 80% là chúng ta phải nhập khẩu.

Qua những số liệu trên, có thể thấy nguyên liệu tự nhiên đã và đang sẽ là xu hướng được sử dụng trong lĩnh vực thực phẩm chức năng tại Việt Nam và trên thế giới.